Эпилепсия – умственная отсталость – расстройства аутистического спектра
Большинство методов лечения неврологических заболеваний разрабатываются для «среднестатистического пациента» и подходят не всем.
Точная медицина, или «персонализированная медицина», учитывает индивидуальные особенности генов, окружающей среды и образа жизни, чтобы назначать оптимальное лечение в нужное время.
Исследования показывают, что использование генетического тестирования при эпилепсии помогает улучшить исходы, предотвратить ухудшение состояния и снизить затраты на лечение [2-3].
Панель EPIDASD анализирует 1740 генов с целью выявления причины заболевания, подтверждения диагноза, поддержки генетического консультирования и прогнозирования исхода, чтобы пациент мог получить максимально персонализированное лечение как можно раньше.
Хотя все пациенты с эпилепсией могут получить пользу от генетического тестирования, скрининг с помощью панели EPIDASD будет особенно ценен для пациентов с синдромальной эпилепсией, ранним началом эпилепсии (до 10 лет) и/или с семейным анамнезом эпилепсии, неврологических нарушений, расстройств аутистического спектра и/или умственной отсталости [2-3].
К сожалению, этиология расстройств аутистического спектра (РАС) является многофакторной и крайне гетерогенной, так как средний случай РАС обусловлен множеством обычных генетических вариантов, повышающих предрасположенность. Кроме того, генетические модификаторы, такие как однонуклеотидные полиморфизмы и эпигенетические изменения, вероятно, играют ключевую роль в формировании фенотипического спектра РАС [4-5]. Похожие механизмы, вероятно, способствуют развитию лёгких форм эпилепсии и умственной отсталости/дислексии, что снижает вероятность выявления генетических причин этих заболеваний.
Таким образом, генетическое тестирование (с использованием панели EPIDASD) особенно актуально для пациентов с:
Эпилепсией с ранним началом
Прогрессирующей (миоклонической) эпилепсией
Эпилептической энцефалопатией (EE)
Развивающейся и эпилептической энцефалопатией (DEE)/синдромальной эпилепсией
Эпилепсией, обусловленной пороками развития головного мозга
Умеренной или тяжёлой умственной отсталостью
Умственной отсталостью или эпилепсией с другими сопутствующими заболеваниями, включая РАС
Семейной (самоограничивающейся) эпилепсией и/или фебрильными судорогами
Очаговой, резистентной к терапии эпилепсией в предоперационной оценке для исключения наследственных вариантов, вызывающих заболевание
Для проведения теста необходим образец слюны или крови. Для сбора образца мы отправим набор со всеми инструкциями касающихся сбора и отправки образца в Amplexa Genetics.
Ответ можно ожидать не позднее чем через четыре недели после получения вашего образца.
Эпилепсия, умственная отсталость и расстройства аутистического спектра – одни из наиболее распространённых неврологических и нейропсихологических заболеваний.
В панели EPIDASD анализируются в общей сложности 1740 генов, связанных с эпилепсией, умственной отсталостью или расстройствами аутистического спектра. Данные извлекаются в виде виртуальной панели из экзомных данных человека, а внутренняя биоинформатическая система выполняет вызов и фильтрацию вариантов.
Редкие или низкочастотные варианты (SNV и CNV) оцениваются в соответствии с руководствами ACMG [6], ACGS, а также индивидуальными оценками. В оценку включены поиски по базам данных: Human Gene Mutation Database (HGMD), ClinVar, DECIPHER, Genome Aggregation Database (gnomAD, версия 4.0.0) и dbSNP (155).
Синонимичные варианты в аутосомно-доминантных генах, встречающиеся с частотой аллеля выше 1% или обнаруженные в гомо-/гемизиготном состоянии в базе gnomAD, не указываются. Прогнозы на уровне белка получаются из баз данных dbNSFP Functional Predictions and Cores 3.0, REVEL functional prediction и CADD score 1.6.
Прогнозы вариантов на уровне транскрипции обрабатываются с помощью биоинформатических инструментов, таких как NNSplice, GeneSplicer, MaxEntScan и PWN.
Кровь (2–5 мл крови в EDTA-трубке)
ДНК (не менее 3 мкг)
Слюна (не менее 2 мл)
Химия: Twist Biosystems Human Core Exome
Оборудование: Секвенатор Illumina NovaSeq 6000
Обработка данных: Внутренняя биоинформатическая система выполняет вызов и фильтрацию вариантов
Метрики: Средняя глубина чтения >100×. Покрытие целей >97% при глубине чтения >20×.
Анализ ограничен белок-кодирующими областями и 10 нуклеотидами от границ экзон-интрон, включая сайты сплайсинга. Некодирующие области: 5’-UTR, 3’-UTR, интроны и промоторные области анализируются фрагментарно (сообщаются только известные патогенные варианты), а крупные перестройки (сложные инверсии, конверсии генов, сбалансированные транслокации), а также делеции или дупликации одного экзона не выявляются. Метод также не подходит для анализа регионов псевдогенов/дублированных сегментов или повторяющихся областей. Для анализа гена FMR1 рекомендуется использовать наш тест FMR1 – Fragile X (CGG) repeat expansion. Мозаицизм на низком уровне с долей аллеля менее 20% не выявляется.
Сообщаются только ассоциации с фенотипами, релевантными показаниям для выбора данной панели.
[6] Richards et al., (2015), Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology, PMID: 25741868
Оформляя заказ на анализ в Amplexa Genetics A/S, заявитель подтверждает, что получил необходимое информированное согласие на проведение запрашиваемого анализа, и принимает Условия и положения Amplexa Genetics. Письменная форма заявки или электронное письмо с указанием конкретного исследования вместе с получением образца считается заказом на проведение анализа.
С момента получения заказа время выполнения анализа составляет пять недель.
[1] Brunklaus et al., (2020), Biological concepts in human sodium channel epilepsies and their relevance in clinical practice PMID: 32090326.
[2] Bayat et al., (2022), Impact of Genetic Testing on Therapeutic Decision-Making in Childhood-Onset Epilepsies-a Study in a Tertiary Epilepsy Center, PMID: 35723786.
[3] McKnight et al., (2022), Genetic Testing to Inform Epilepsy Treatment Management From an International Study of Clinical Practice, PMID: 36315135.
[4] Cirnigliaro et al. (2023), The contributions of rare inherited and polygenic risk to ASD in multiplex families, PMID: 37506195.
[5] Rylaarsdam & Guemez-Gamboa A, (2019), Genetic Causes and Modifiers of Autism Spectrum Disorder, PMID: 31481879.
[6] Richards et al., (2015), Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology, PMID: 25741868