Para el diagnóstico de epilepsias genéticas comunes y tratables.
Un grupo de afecciones neurológicas altamente heterogéneas, con un amplio espectro de fenotipos caracterizados colectivamente por ataques epilépticos [4]. Es uno de los trastornos neurológicos más comunes en niños, con una prevalencia de 4 a 10 por 1000 personas en todo el mundo y con discapacidad intelectual (DI) y trastornos del espectro autista (TEA) como comorbilidades comunes.
La mayoría de los tratamientos para los trastornos neurológicos están diseñados para el «paciente promedio» como un enfoque único que puede ser exitoso para algunos pacientes pero no para otros.
La medicina de precisión, a veces conocida como «medicina personalizada», es un enfoque innovador para adaptar la prevención y el tratamiento de enfermedades teniendo en cuenta las diferencias en los genes, el entorno y los estilos de vida de las personas. El objetivo de la medicina de precisión es dirigir los tratamientos adecuados a los pacientes adecuados. Los estudios de resultados informados por médicos en pacientes con epilepsia sugieren que el uso de pruebas genéticas para guiar la toma de decisiones clínicas, en promedio, mejora el resultado del paciente ó al menos previene el empeoramiento de la epilepsia y ahorra dinero en atención médica [5-6].
Es probable en más de dos tercios de los casos de epilepsia de etiología desconocida se puedan atribuir a factores genéticos que van desde causas monogénicas (una única variante genética rara con tamaños de efecto altos) hasta causas poligénicas (múltiples variantes genéticas menos raras, cada una con un tamaño de efecto bajo), con una arquitectura genética compleja [7]. Nuestras soluciones de pruebas genéticas son adecuadas para identificar causas monogénicas asociadas con un asesoramiento genético de alto valor y, en algunos casos, un tratamiento dirigido directamente con medicina de precisión.
El panel EpidasdACT° será de gran valor para pacientes con epilepsia sindrómica, pacientes con epilepsia de aparición temprana (antes de los 10 años) y/o pacientes con antecedentes familiares de epilepsia, déficit neurológico, un trastorno del espectro autista y/o discapacidad intelectual [8-9].
La etiología del TEA es multigénica y altamente heterogénea, ya que el caso promedio de TEA es producto de muchas variantes genéticas comunes que aumentan la susceptibilidad. Además, los modificadores genéticos, como los polimorfismos de un solo nucleótido y las alteraciones epigenéticas, pueden desempeñar un papel clave en la modulación del espectro fenotípico del TEA [10-11]. Mecanismos similares probablemente contribuyen al desarrollo de tipos leves de epilepsia y discapacidad intelectual/dislexia, lo que hace que sea menos probable descubrir las causas genéticas de estas enfermedades. Por tanto, las pruebas genéticas son principalmente relevantes para pacientes que padecen:
Para realizar la prueba es necesario una muestra de Saliva ó Sangre.
Para la recolección de la muestra de saliva, se le enviara un kit recolector de muestra con instrucciones de uso y ademas recibara instrucciones para el envio de la muestra a Amplexa Genetics.
El resultado estará disponible a más tardar 4 semanas después de que hayamos recibido su muestra.
En total, en el panel EpidasdACT° se analizan 200 genes asociados a la Epilepsia, la Discapacidad Intelectual o los Trastornos del Espectro Autista. Los datos se extraen como un panel virtual a partir de los datos del exoma humano, y un proceso bioinformático interno realiza llamadas y filtrado de variantes.
Las variantes raras o de baja frecuencia (SNV y CNV) se evalúan de acuerdo con las directrices del ACMG [12], las mejores prácticas del ACGS para la clasificación de variantes en enfermedades raras [13], así como estimaciones individuales. En la evaluación se encuentran búsquedas en bases de datos en Human Gene Mutation Database (HGMD, versión más reciente), ClinVar, DECIPHER, Genome Aggregation Database (gnomAD, versión más reciente) y dbSNP (versión más reciente).
No se informan las variantes sinónimas en genes autosómicos dominantes que se han observado con una frecuencia alélica superior al 1% o se han observado en estado homo/hemicigoto en la base de datos de gnomAD. Las predicciones sobre el nivel de proteína se obtienen de la base de datos dbNSFP Functional Predictions and Cores 3.0, la predicción funcional REVEL y la puntuación CADD 1.6.
Las predicciones sobre variantes del nivel transcripcional se envían a herramientas de software de bioinformática, p. NNSplice, GeneSplicer, MaxEntScan y PWN.
La prueba se realiza como un extracto de datos (panel dirigido virtual) a partir de datos completos del exoma. Química: Twist Biosystems Human Core Exoma Hardware: Secuenciador Illumina Novaseq 6000 Procesamiento de datos: una canalización bioinformática interna realiza llamadas variables y llamadas de filtrado Métricas: Promedio de profundidad de lectura >100 veces. En la cobertura objetivo, >97 % a una profundidad de lectura >20 veces mayor.
El análisis se ha limitado a las regiones codificantes de proteínas y a 10 pb límites exón-intrón, incluidos los sitios de empalme. Regiones no codificantes: 5’-UTR, 3’ UTR, intrones y regiones promotoras han sido escasamente analizadas, y no se detectarán los grandes reordenamientos. El método tampoco es apropiado para el análisis de regiones repetidas. Para el análisis del gen FMR1 recomendamos nuestra prueba de expansión repetida FMR1- Fragile X (CGG).
Sólo las asociaciones con fenotipos relevantes a la indicación para la selección del panel serán reportadas
Al solicitar un análisis en Amplexa Genetics A/S, el solicitante confirma haber obtenido el consentimiento informado necesario para la realización de los análisis solicitados y acepta los Términos y condiciones de Amplexa Genetics. Una solicitud impresa o un correo electrónico que indique el estudio específico junto con la recepción de una muestra se considera una orden para realizar el análisis.
A partir del día de recepción del pedido, el plazo de entrega es de cinco semanas.
[1] Oliver et al., (2023). Genes4Epilepsy: An epilepsy gene resource. PMID: 36808730.
[2] Ganesan et al., (2020). A longitudinal footprint of genetic epilepsies using automated electronic medical record interpretation. PMID: 32773773.
[3] Wieczorek, (2018) Autosomal dominant intellectual disability. PMID: 30459487.
[4] Fisher et al., (2014), ILAE official report: a practical clinical definition of epilepsy. PMID: 24730690.
[5] Brunklaus et al., (2020), Biological concepts in human sodium channel epilepsies and their relevance in clinical practice PMID: 32090326.
[6] McKnight et al., (2022), Genetic Testing to Inform Epilepsy Treatment Management From an International Study of Clinical Practice, PMID: 36315135.
[7] Perucca et al., (2020), The Genetics of Epilepsy. PMID: 32339036.[6] Oliver et al., (2023). Genes4Epilepsy: An epilepsy gene resource. PMID: 36808730.
[8] Bayat et al., (2022), Impact of Genetic Testing on Therapeutic Decision-Making in Childhood-Onset Epilepsies-a Study in a Tertiary Epilepsy Center, PMID: 35723786.
[9] Perucca et al., (2020), The Genetics of Epilepsy. PMID: 32339036.[6] Oliver et al., (2023). Genes4Epilepsy: An epilepsy gene resource. PMID: 36808730.
[10] Cirnigliaro et al. (2023), The contributions of rare inherited and polygenic risk to ASD in multiplex families, PMID: 37506195.
[11] Rylaarsdam & Guemez-Gamboa A, (2019), Genetic Causes and Modifiers of Autism Spectrum Disorder, PMID: 31481879.
[12] Richards et al., (2015), Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology, PMID: 25741868.
[13] Durkie et al., (2024), ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification in Rare Disease 2024. Recommendations ratified by Association for Clinical Genomic Science (ACGS) Quality Subcommittee. (https://www.acgs.uk.com/media/12533/uk-practice-guidelines-for-variant-classification-v12-2024.pdf)